Tamáska Endre igazgató 1941. március 31-én, 45 évi szolgálattal a háta mögött nyugalomba vonult. Helyét Imecsfalvy Jenő vette át. A háborús éveket az ő vezetésével vészelte át az iskola, amelyet 1948. június 30-án államosítottak. Bár a hivatalos nevéből egy időre kikerült a nagy mesemondó neve, hiszen ezentúl „II. sz. Állami Általános Iskola” szerepelt a bélyegzőjén, viszont mindenki számára megmaradt „a Jókainak”. Az államosításkor hozzácsatolták a Bethlen Gábor utca 3. szám alatti, volt római katolikus elemi iskolát, ami később az alsósok és a napközisek otthona lett, valamint Zalán Károlyt megbízták az igazgatói teendők ellátásával. Ekkoriban nemcsak az iskola, hanem a Bethlen Gábor utca nevét is megváltoztatták: 1950-től 1963-ig Zsdánov, szovjet kommunista politikusra módosították. (Megjelent a Nyíregyházi Napló szeptember 24-ei számában.)  

Jókai Mór nevét az iskolában megalapított fiú úttörőcsapat vitte tovább. Érdekesség, hogy a lányok 1962-ig egy külön csapatba tömörültek, amely Jókai feleségének, Laborfalvi Rózának a nevét viselte. Azonban az 1972. május 28-án tartott névadó ünnepélyen már Váci Mihályról nevezték el a csapatot. A költő 1934-től 1938-ig volt az iskola diákja. A névadó alkalmából az udvaron felavatták Margittai Jenő képzőművész emléktábláját.

1958-ban megkezdték a koedukált osztályok szervezését, addig külön fiú- és lányosztályok voltak. 1964–65-ben felépítették a Színház utcai oldalon ma is álló épületet. 1968-ban megszervezték a német, majd 1970-ben a testnevelési tagozatot. Zalán Károly nyugdíjba vonulása után, 1968-tól Kövér Endre lett az igazgató 1974-ig. Őt egy tanév erejéig Sereghy Ervin követte, majd 1975 és 1980 között dr. Szabó László, 1980-tól pedig Jeles István igazgatta az iskolát 1995-ig. 1982-ben méltó módon emlékeztek az alapítás 75. évfordulójára. Ebből az alkalomból újra életre hívták a még 1909-ben alapított Bethlen Gábor Kört.

1995-ben az iskola visszatért a gyökereihez, és a Nyíregyháza Városi Református Egyházközség fenntartásában ápolja a régi Jókai hagyományait.